Supercupa la inceputul sezonului 2001–02. Liverpool a castigat ambele meciuri cu Owen marcand al doilea gol al victoriei cu 2-1 asupra Manchester United in Charity Shield si al treilea gol in victoria Supercopiei UEFA din 2001 asupra campionilor europeni Bayern Munchen. Liverpool a devenit astfel prima echipa engleza care a castigat cinci trofee intr-un an calendaristic.
La sfarsitul anului 2001, Owen a devenit primul jucator englez din douazeci de ani si singurul jucator din Liverpool care a castigat premiul Fotbalistului european al anului. El a fost, de asemenea, ales fotbalist mondial al anului in 2001; el este singurul jucator englez care a castigat premiul si a fost primul jucator din Premier League care a facut acest lucru. El a marcat cel de-al 100-lea gol pentru Liverpool pe 21 decembrie 2001 impotriva West Ham United. Liverpool a terminat pe locul al doilea in liga in sezonul 2001-2002, iar Owen a jucat un rol cheie in succes, marcand 28 de goluri. moxos.net
Sezonul 2002–03 l-a vazut pe Owen din nou in forma, cand a lovit 28 de goluri. Liverpool s-a aflat in topul clasamentului si aratau ca concurenti autentici la titlu pentru prima data in cativa ani, dar o serie de rezultate proaste i-au facut sa ajunga in cele din urma pe locul cinci in clasament. Owen a marcat si pe stadionul Millennium din Cardiff, cand Liverpool a invins Manchester United cu 2-0 pentru a castiga Cupa Ligii si a marcat cel de-al 100-lea gol din Premier League impotriva West Bromwich Albion.
Intr-un sezon accidentat 2003-04, el a reusit inca sa inscrie 19 goluri, obtinand cel de-al 150-lea gol pentru club la 15 februarie 2004 impotriva lui Portsmouth, dar altfel a fost un sezon sumbru atat pentru el, cat si pentru Liverpool.
Din 1998, Owen a fost golgheterul lui Liverpool in fiecare sezon pana cand a parasit clubul. Real Madrid l-a semnat pentru o taxa de 8 milioane de lire sterline pe 13 august 2004, mijlocasul Antonio Nunez mergand in cealalta directie ca o greutate.
